额尔古纳河源头在大兴安岭西侧吉勒老奇山西坡。额尔古纳河上源为海拉尔河，发源自大兴安岭西侧吉勒老奇山西坡，西流到新巴尔虎左旗阿巴图附近始称额尔古纳河，后折向东北在额尔古纳市恩和哈达附近同俄罗斯流来的石勒喀河汇合为黑龙江。主要支流有克鲁伦河、根河、激流河。
克鲁伦河：克鲁伦河是呼伦湖支流，因湖水通过以达兰鄂罗木河同额尔古纳河上源海拉尔河相联进入黑龙江，所以克鲁伦河属于黑龙江水系。发源于蒙古国的肯特山东麓。在中游乌兰恩格尔西端进人中国境内。流经呼伦贝尔盟新巴尔虎右旗，东流注入呼伦湖。克鲁伦河两岸被半荒漠的小山和丘陵所围绕，河道比较弯曲，河滩、湿地和沼泽较多，因其流域内多为半荒漠地形，地表径流不发育，故支流较少。水深2米左右，以夏秋流量最大，两岸有沼泽湿地分布，水草条件好，为优良的天然牧场。
