上滤的鱼缸放过滤棉和细菌屋，一般是一高一低为一组将过滤槽分为三到四个小格子，每个小格子要根据水流过的顺序来放置材料，一般分为三格、第一格过滤棉，第二格生化棉，第三格细菌屋或者其他同类效果的滤材。这一高一低的隔板不仅将滤槽内的空间进行了有效划分，以方便滤材的合理放置，另一方面，相对高的那个隔板还有反水的作用，目的是让水分充分走过所有的滤材，充分起到良好的过滤效果。
滤棉是最基本的使用率最高的过滤材料，不管是哪种的过滤器，基本都是必不可少的，主要的更能就是过滤掉水中鱼的排泄物等大量的废物，将鱼粪从鱼缸中过滤出来，也让后面的滤材发挥作用。
